Kalojen jätösten ja ruoantähteiden sisältämien proteiinien typpipitoinen aines liukenee veteen ammoniakiksi. Akvaarion hyvät bakteerit (biologinen suodatus) hajottavat ammoniakin nitriitin kautta nitraatiksi. Mikäli akvaarion biologinen suodatus ylikuormittuu tai uusi akvaario ei ole vielä kypsä, voi veteen jäädä haitallista ammoniakkia.